Mark of the Ninja est un jeu d'action furtive en défilement horizontal. Le jeu suit un ninja sans nom qui a pour mission de venger une société militaire privée ayant attaqué le dojo du clan du ninja. Le gameplay peut être décrit comme un mélange de plateforme 2D et d'action furtive. Tout au long du jeu, il est beaucoup plus utile de neutraliser les ennemis silencieusement. Le protagoniste ninja possède différentes capacités et outils qui lui permettent de tuer des ennemis depuis des cachettes, de distraire les ennemis, de les ralentir, etc. Ces capacités peuvent être débloquées en échange d'honneur – des points que vous obtenez en réalisant différents types de meurtres silencieux, en accomplissant des tâches, des défis, et en trouvant des objets de collection. Les ennemis sont sensibles au son, ils interagissent entre eux et peuvent être terrifiés s'ils assistent à l'assassinat de leurs alliés. Il existe différents types d'objets de collection dans le jeu et quelques salles de défi secrètes dans chaque niveau. En général, elles consistent en des énigmes qui peuvent être résolues en utilisant les capacités et les objets uniques du ninja.